La causa exacta de la EM se desconoce. La EM se produce a consecuencia de la destrucción de la mielina, una funda protectora que rodea las fibras nerviosas del sistema nervioso central. Este daño a la mielina interrumpe la transmisión entre las neuronas interfiriendo la comunicación entre el cerebro y otras partes del cuerpo.

El daño a la mielina puede deberse a una respuesta anormal del sistema inmune que normalmente defiende el cuerpo contra la invasión de organismos tales como bacterias y virus. Muchas de las características de la EM sugieren una enfermedad autoinmune.

En las enfermedades autoinmunes, el organismo ataca sin advertencia sus propias células y tejidos, que en el caso de la EM, es la mielina

Aunque no se conoce todo sobre el origen de la EM, la teoría más aceptada es que existen dos posibles causas que sumadas pueden desencadenar la enfermedad: susceptibilidad genética y factores ambientales.